Dua tahun telah berlalu semenjak CCG menyergap markas Anteiku.

Meski kondisi di Tokyo telah berubah drastis dikarenalan meningkatanya pengaruh CCG, ghoul masih menjadi ancaman serius yang harus ditangani, terutama adanya organisasi teroris yang bernama Aogiri, organisasi yang menganggap CCG sebagai ancaman besar.
CCG memustuskan untuk membentuk sebuah tim yang terdiri dari kumpulan manusia berkemampuan ghoul yang bernama Quinx untuk memberantas para makhluk yang berbahaya itu.

Pemimpin tim tersebut, Sasaki Haise, adalah seorang manusia setengah ghoul yang berada di bawah pelatihan penyidik kelas spesial, Arima Kishou. Sasaki selalu sibuk mengatasi berbagai kasus ghoul dan posisinya sebagai pemimpin serta pembina anggota Quinx